Automatisation de la construction de modèles et annotation du génome pour de larges réseaux métaboliques

Ce projet RTD se focalise sur les modèles structuraux des réseaux métaboliques, en particulier sur leur génération automatique et leur usage pour annoter le génome et mener des simulations, afin de mieux comprendre le métabolisme des plantes.

Aujourd'hui, les réseaux métaboliques sont suffisamment bien caractérisés pour permettre la construction de modèles mathématiques décrivant leur comportement au niveau du génome entier. Ceux-ci ne se basent pas sur de vastes ensembles de données détaillées; les données existantes sont loin d'être exhaustives, et, même pour les organismes les mieux étudiés, la plupart des paramètres cinétiques demeurent inconnus. La modélisation de réseaux métaboliques dans leur ensemble a cependant largement été permise par les nouvelles méthodes informatiques impliquant l'identification et la définition mathématique de contraintes dues à des lois physiques, aux conditions environnementales et à la régulation cellulaire.

Des méthodes informatiques intégrées

Le projet de développement technologique MetaNetX vise le développement de méthodes informatiques intégrées et d'outils pour la reconstitution automatique de réseaux métaboliques à l'échelle du génome entier, y compris la prédiction de nouvelles réactions et de nouvelles voies et l'application de ces modèles pour l'annotation détaillée du génome.

Notre approche fondamentalement nouvelle consiste à surmonter les limitations technologiques actuelles par l'intégration étroite du développement de méthodes d'annotation génomique, par la caractérisation systématique de réactions chimiques potentielles et le développement de méthodes informatiques pour la reconstitution et la vérification. Les premiers champs d'application de cette approche sont la levure bourgeonnante et le métabolisme végétal de A. thaliana.

Mis à jour en septembre 2012