Génétique des systèmes cellulaires humains

Il a été supposé, et partiellement prouvé, que le degré d’activité d’un gène est influencé par de nombreuses variantes des séquences d’ADN responsables de maladies et de traits complexes. Beaucoup de ces effets se révèlent par l’intermédiaire de modifications dans la biochimie de la chromatine ou de l’ADN. Il est essentiel d’élucider les interactions entre les régions régulant l’expression des gènes ainsi que leur variabilité d’un individu à l’autre, afin de comprendre la biologie des maladies humaines et la variabilité phénotypique.

Le but de ce projet est de clarifier les liens entre les mécanismes génétiques, épigénétiques et d’expression des gènes, afin d’atteindre deux objectifs simultanément:

• déterminer les effets moléculaires fonctionnels directs des variantes génétiques humaines;
• éclaircir les rapports mécanistiques et les interactions entre divers effets moléculaires dans des régions responsables de la régulation de l’expression des gènes.

Pour ce faire, nous nous proposons d’étudier en détail l’information génétique contenue dans deux types de cellules provenant de 200 individus, à savoir des fibroblastes issus de la peau du cordon ombilical et des lignées cellulaires lymphoblastoïdes de cellules B sanguines. Pour chaque type de cellule et pour chacun des 200 individus, nous effectuerons également quatre essais épigénétiques pertinents aux interactions régulatrices et à l’activation ou la répression de gènes.

Objectifs spécifiques

Les objectifs spécifiques de notre projet sont:

• la production d’une carte détaillée et exhaustive des effets épigénétiques clés et des régulateurs de l’expression des gènes conjointement avec la variation génétique, l’expression des gènes et l’abondance des protéines des régulateurs les plus importants de l’expression des gènes;
• l’intégration de ces données dans une structure compréhensible et facilitant l’analyse, non seulement pour les besoins de ce projet, mais également pour le bien de la communauté scientifique, une fois les résultats publiés;
• la détection et la quantification de l’impact de la variation génétique sur les processus de régulation des gènes tels que les effets épigénétiques et l’expression des gènes, ainsi que la récolte de matériel brut permettant de mieux comprendre leurs interactions d’ordre supérieur;
• l’utilisation de la variation génétique en tant que perturbation des systèmes biologiques, dans le but de déterminer et de confirmer les liens mécanistiques et synergiques des composantes régulatrices dans les réseaux régionaux (locaux).

Mis à jour en juin 2013