Insbesondere in der Aufbauphase der Initiative stand der Wissenschaftliche Beirat dem Aufsichtsrat und dem Wissenschaftlichen Führungsausschuss bei allgemeinen strategischen und betrieblichen Fragen beratend zur Seite. Des Weiteren prüfte er die Forschungs- und Entwicklungspläne von SystemsX.ch sowie deren Umsetzung. Auf Ende 2013 wurde das Gremium aufgelöst. Die folgenden renommierten Wissenschaftler gehörten zum Wissenschaftlichen Beirat: