Notamment durant la phase de mise sur pied de l’initiative, le Conseil scientifique a joué, en matière de questions stratégiques et opérationnelles générales, un rôle consultatif auprès du Conseil de surveillance et du Comité scientifique. Il était également chargé d’évaluer les projets de recherche et de développement de SystemsX.ch ainsi que leur mise en pratique. La commission a été dissoute fin 2013. Les scientifiques renommés suivants ont siégé au Conseil scientifique :